Muitas dúvidas surgem à medida que estas siglas são vistas juntas em uma mesma situação.

No que diz respeito ao NIS, apesar de possuir a mesma numeração do PIS, ele se diferencia na maneira em que ele é gerado. O NIS é atribuído a todos os cidadãos brasileiros que recebem benefícios provindos de políticas públicas, tais como o Bolsa Família e Pronatec ou de direitos trabalhistas, como abono salarial, seguro-desemprego, FGTS, entre outros. 

Enquanto o NIS provém do Cadastro Nacional de Informações Sociais (CNIS), procedimento este feito pela Caixa Econômica, o PIS é gerado no momento do primeiro emprego e o responsável pelo cadastro é a empresa contratante. Assim sendo, todo e qualquer trabalhador formal de empresas privadas, precisa obrigatoriamente ter o cadastro do PIS, de modo que essa inscrição é realizada apenas uma vez, mediante ao primeiro vínculo empregatício registrado na CTPS. O PIS, nada mais é que uma inscrição NIS a qual informa o vínculo empregatício formalizado.  

Diferente do PIS, o Pasep já é destinado, exclusivamente, para os servidores públicos, tendo ele o mesmo intuito do Programa de Integração Social, todavia, o que muda é justamente ao grupo que ele é atribuído.

Enquanto o PIS é voltado aos trabalhadores formais, o Número de Registro do Trabalhador (NIT) é voltado aos cidadãos que exercem atividades autônomas, ou seja, trabalhadores informais (que não possuem vínculo empregatício com a carteira assinada). Desta forma, o NIT será pedido à medida, que cidadão irá precisar pagar os Carnês como contribuinte individual. Quem possui o NIT e começa a trabalhar de carteira assinada deverá realizar a devida inscrição no Programa de Integração Social (PIS).